29.11.1484 St. Gallen, 6.4.1551 St. Gallen, von St. Gallen. Sohn des Lienhard von Watt, Kaufmanns und Ratsherrn, und der Magdalena Thalmann, Tochter des Ulrich, äbtisch-sankt-gallischen Kanzlers. 1519 Martha Grebel, Tochter des Jakob Grebel. Schwager des Konrad Grebel. Nach dem Besuch der Lateinschule in St. Gallen hielt sich Joachim von Watt, der sich seit seiner Studienzeit auch Vadian(us) nannte, 1502-1518 an der Universität Wien auf und studierte unter anderem bei Konrad Celtis, Johannes Cuspinian sowie Georg Tannstetter. 1508 erlangte er den Magister artium, unterrichtete dann Poetik, Geschichte und Naturlehre, wirkte ab 1511/1512 als Dozent an der Universität, war 1516-1517 deren Rektor und ab 1516 Professor für Poetik am Collegium poetarum. 1517 schloss Vadian ein Medizinstudium mit dem Doktorat ab. Aus seinen Wiener Vorlesungen erwuchsen rund 20 Publikationen, vor allem kommentierte Ausgaben antiker Autoren, unter anderem 1518 des römischen Geografen Pomponius Mela. In diesen stellte er der Autorität der Klassiker Erkenntnisse aus eigener Anschauung und Erfahrung gegenüber, die er unter anderem auf Reisen durch Nordostitalien, Kärnten, Ungarn und Polen gewonnen hatte. Der akademisch gebildete Humanist trat als Redner auf, wurde 1514 durch Kaiser Maximilian I. zum poeta laureatus gekrönt und unterhielt enge Kontakte zu zeitgenössischen Musikern wie Ludwig Senfl.
1518 gab Vadian seine akademische Tätigkeit auf, kehrte nach St. Gallen zurück und stellte sich in den Dienst seiner Heimatstadt. Ab 1521 Mitglied des Kleinen Rats, vollzog er ab 1522 den Übergang zu den Ideen der Reformation und war 1523 Präsident der Zweiten Zürcher Disputation. 1525 spielte er die massgebliche Rolle bei der Einführung der Reformation in St. Gallen, ab 1526 amtierte er bis ans Lebensende im Dreijahresturnus als Bürgermeister. Der Versuch, die 1529 im Ersten Kappeler Landfrieden erlangten Vorteile der Reformierten für die Aufhebung des Klosters zu nutzen, scheiterte 1531. Das Kloster blieb Nachbar der Stadt und dessen Abt Gegenspieler Vadians, doch wahrte die Stadt unter Vadian als politisch und geistig führender Persönlichkeit ihre Selbstständigkeit und damit auch den reformierten Glauben. In der eidgenössischen Politik wirkte er mehrmals als Gesandter an der Tagsatzung, 1549 auch als Obmann eines eidgenössischen Schiedsgerichts.
Vadian führte in St. Gallen die gelehrte Tätigkeit fort, doch mit veränderten, auf seine Stadt fokussierten Interessen und nur mehr als Mittelpunkt eines interessierten Kreises von Freunden, darunter Johannes Kessler, der zu Vadians Biograf und Nachlassverwalter wurde. Ausserhalb St. Gallens waren Heinrich Bullinger, Johannes Comander und Oswald Myconius wichtige Korrespondenten; insgesamt haben sich rund 1850 Briefe von und an Vadian erhalten. Während der Aufhebung des Klosters standen ihm dessen Archiv und Bibliothek längere Zeit offen. Auf dieser Quellengrundlage, erweitert um die städtische Überlieferung, verfasste er 1529-1532 in der Erwartung, die Stadt trete an die Stelle des Klosters, die "Grössere Chronik der Äbte", die den Zeitraum 1199-1491 umfasst und formal in der Tradition der klösterlichen Geschichtsschreibung steht, inhaltlich aber mit ihr bricht und sich sprachlich an ein breites Publikum richtet. Nach der Niederlage der Reformierten in der zweiten Schlacht bei Kappel 1531 legte Vadian das Werk 1532 unvollendet beiseite, betrieb jedoch weiterhin historische sowie theologische Forschungen mit Schwergewicht auf der regionalen Geschichte sowie auf der Kirchengeschichte, unter anderem zu den Grundlagen des Mönchtums und zur Entwicklung von der Urkirche zur Papstkirche. Auf dem Gebiet der Medizin hielt sich Vadian, der neben seiner politischen Tätigkeit ab 1518 ohne formelle Ernennung auch die Aufgaben des Stadtarztes wahrnahm, an die in Wien gelehrte arabisch-lateinische Tradition.
Vadians Werke der zweiten Lebensphase blieben weitgehend ungedruckt. Seine für die 1547-1548 publizierte Schweizerchronik von Johannes Stumpf verfassten Texte, unter anderem die "Kleinere Chronik der Äbte", sind dort stark gekürzt und auf Vadians Wunsch anonym eingeflossen. Dank handschriftlicher Verbreitung wurde die Kleinere Chronik in der Stadt St. Gallen dennoch rasch zur massgeblichen Darstellung der eigenen Geschichte. Im Druck veröffentlichten Melchior Goldast bereits 1606 und Ernst Götzinger 1875-1879 die historischen Schriften Vadians. Auf dieser Grundlage etablierte die reformierte Historiografie (Eduard Fueter, Werner Näf, Hans Conrad Peyer) Vadian im 20. Jahrhundert in bewusstem Kontrast zu Aegidius Tschudi als ersten zu historischer Objektivität fähigen Geschichtsschreiber der Schweiz. Die neuere Forschung hat hingegen gezeigt, dass auch Vadians Darstellung der St. Galler und eidgenössischen Geschichte parteigebunden blieb, beeinflusst durch Herkunft, politische Überzeugungen und reformatorischen Glauben. So steht der kritischen Distanz zum eidgenössischen Gründungsmythos die Fixierung auf die Feindbilder Kloster und Papstkirche gegenüber. Anders als Tschudi vertrat Vadian aber den Gedanken des Wandels und der Entwicklung aller Dinge und prägte mit Blick auf eine Periodisierung der Geschichte den Begriff Mittelalter für die Epoche zwischen Antike und damaliger Gegenwart.
Die Privatbibliothek im Umfang von 450 Bänden ging 1551 testamentarisch an die Stadt St. Gallen, wo sie zusammen mit dem handschriftlichen Nachlass den Kernbestand der Vadianischen Sammlung in der Kantonsbibliothek St. Gallen bildet. 1904 schuf Richard Kissling in St. Gallen ein Denkmal Vadians.