L'apposition du tampon "J" discriminatoire dans les passeports des juifs allemands fut introduite en octobre 1938 par les autorités du Reich à l'issue de négociations avec la Suisse. Après l'annexion de l'Autriche, en mars 1938, le flux des réfugiés, principalement juifs, fuyant le Reich vers la Suisse et d'autres pays s'amplifia considérablement. Cela fit grandir en Suisse les réserves à leur égard. C'est pourquoi le Conseil fédéral introduisit le 1er avril 1938 le visa obligatoire pour les détenteurs de passeports autrichiens. Après que la conférence d' Evian, en juillet 1938, eut échoué à trouver une solution internationale à la question des réfugiés, la Suisse décida de n'admettre désormais que des émigrants munis de papiers garantissant qu'ils poursuivraient leur voyage. Les autorités allemandes refusèrent néanmoins, afin de ne pas gêner leur politique de spoliation et d'expulsion, d'indiquer dans les passeports de leurs nationaux lesquels ne pourraient plus rentrer au pays.
Comme, à partir du 15 août, les ressortissants autrichiens reçurent des passeports allemands, la Suisse dénonça le 30 août à titre préventif le traité d'établissement conclu avec l'Allemagne en 1926 et décida, sur proposition de Heinrich Rothmund, chef de la police fédérale des étrangers, d'introduire le visa obligatoire pour tous les ressortissants allemands dès le 1er octobre. Les autorités du Reich, craignant que d'autres Etats ne suivent l'exemple suisse et que les voyages à l'étranger ne soient ainsi restreints, entamèrent des négociations à Berne le 2 septembre et à Berlin du 27 au 29 septembre et proposèrent de ne marquer que les passeports des juifs allemands. Rothmund, chef de la délégation suisse, fit part au Conseil fédéral des réserves juridiques et éthiques que suscitaient des mesures dirigées exclusivement contre les juifs. Pour des raisons économiques et de politique étrangère, le Conseil fédéral accepta néanmoins le 4 octobre la proposition allemande et révoqua l'obligation du visa. L'Allemagne décida alors immédiatement de marquer les passeports juifs. D'autres pays, notamment la Suède, reprirent la règle germano-suisse. Le marquage des passeports des juifs suisses, prévu dans le protocole au titre de la réciprocité, ne fut jamais appliqué par la Suisse.
Après la guerre, le tampon "J" devint pour l'opinion publique le symbole d'une certaine politique de l'asile. En 1954, le journal Der Schweizerische Beobachter reprocha à Rothmund d'en avoir eu l'idée et le Conseil fédéral chargea Carl Ludwig d'enquêter sur la politique de la Suisse envers les réfugiés. Dans le débat de la fin des années 1990 relatif au rôle de la Suisse dans la Deuxième Guerre mondiale, le tampon "J" souleva à nouveau des controverses. Les efforts pour clarifier la situation historique ont montré que, bien que ce tampon ait été proposé et introduit par l'Allemagne, le Conseil fédéral partageait la responsabilité d'un accord bilatéral fondé sur des motivations antisémites (Antisémitisme).