Le premier jardin botanique proprement dit aménagé en Suisse, à l'université de Bâle, date de 1589. D'autres jardins destinés aux études savantes furent créés à Zurich en 1748, à Berne en 1786, à Genève en 1817, à Fribourg en 1937 et à Neuchâtel en 1955. L'intérêt grandissant du public pour la botanique, soutenu par les nouvelles sociétés de sciences naturelles (Sociétés savantes) suscitèrent en outre la création de jardins botaniques municipaux (comme ceux de Lausanne et de Saint-Gall ou l'arboretum de Zurich) dans la seconde moitié du XIXe s. D'autres jardins virent le jour au XXe s. (île de Brissago, collection de succulentes de la ville de Zurich, arboretum d'Aubonne, nouveau jardin botanique de l'université de Zurich, jardin de Brüglingen à Bâle).
Des jardins botaniques alpins furent aménagés dans la seconde moitié du XIXe s., d'abord en Suisse romande et en relation avec le tourisme. Autrefois nombreux, il en subsiste aujourd'hui sept d'une certaine envergure: ceux de la Schatzalp près de Davos, de la Schynige Platte près d'Interlaken, d'Aletsch près de Riederalp, de Champex (comm. Orsières), la Linnea au Grand-Saint-Bernard, la Thomasia au-dessus de Bex et la Rambertia au-dessus de Montreux. Actuellement, la plupart des jardins botaniques de plaine ont un secteur, appelé "alpinum", réservé à la flore alpestre. Le manque de place, l'évolution des besoins et des styles effacent peu à peu les traces des premières réalisations. Des bâtiments historiques ont néanmoins subsisté, comme la serre Victoria à Bâle (1898) et la palmeraie de l'ancien jardin botanique de Zurich (1877). Sur le plan conceptuel, en cent cinquante ans, on est passé d'un aménagement fondé sur la classification systématique des espèces à la mise en place de parcs, puis à la réalisation de jardins faisant la part belle aux préoccupations écologiques et pédagogiques.